En los inicios de la década arribo el Ing. Alejandro Rodríguez como consejero y luego como presidente y con él vinieron épocas mejores para el club. Se contrató al técnico Ricardo Ferretti, quién llegó en el torneo invierno 2000. Se empezó a construir una plantilla trabajadora con hombres de experiencia como Claudio Suárez y Antonio Sancho como pilares de su equipo, y aunque no se caracterizó por tener un definidor por excelencia, algunas liguillas y un subcampeonato obtenido en casa ante Pachuca en el Torneo de Invierno 2001 fueron los resultados que entregó el brasileño.

Vino después al timon Nery Pumpido que incorporó a Néstor Silvera en el ataque y explotó a plenitud la llegada de Walter Gaitán quien despuntó como el nuevo ídolo felino. Nuevamente en el Torneo de Apertura 2003 el destino ponía a Pachuca en el camino felino, y los tuzos volverían a coronarse en el Estadio Universitario.

Vino la época de internacionalizarse al asistir dos veces a la Copa Libertadores donde se lograron buenas actuaciones. En 2005, los Tigres calificaron a la Copa Libertadores de América, donde enfrentaron al Alianza Lima, Caracas FC y Banfield de Argentina, en los 8vos. de final eliminaron al Once Caldas en ese entonces campeón defensor de la Copa Libertadores de América, para después ser derrotado en 4os. de final por el São Paulo FC que a la postre seria el campeón del torneo.En el 2006 participaron por segunda ocasión consecutiva en la Copa Libertadores. Ubicados en el grupo 4, junto al Corinthians, la Universidad Católica y el Deportivo Cali, los Tigres avanzaron a la siguiente fase con un cardiaco 1-0 frente al cuadro chileno, para posteriormente ser eliminado en la fase de 8vos. de final en serie de penaltis por el Libertad después de haber empatado ambos juegos a 0 goles.

De manera errónea, se permitió la salida del Ing. Alejandro Rodríguez y se entregó la presidencia al Lic. Fernando Urdiales. El cambio de un hombre de caracter y con amplia experiencia en el fútbol por un hombre sin peso como directivo y con escasos conocimientos fueron notándose en el equipo. En el torneo apertura 2007 los directivos Fernando Urdiales y Sebastián Luri cometieron errores y echaron a perder el trabajo que apenas comenzaba el técnico Mario Carrillo. Luego se contrató al director técnico Américo Gallego quien vino al equipo a trabajar de manera extraña.

Por los malos resultados obtenidos en las últimas campañas, y el problema de descenso que los Tigres viven, el técnico Américo Gallego fue cesado después de caer 6-1 ante el Pachuca. Después de Américo Gallego se contrató al Director Técnico Manuel Lapuente y se suplió a Fernando Urdiales por Enrique Borja en la presidencia de la administración del equipo.

En el segundo torneo con Manuel Lapuente al mando, se llegó a la liguilla después de 3 temporadas de intentarlo. Más de nueva cuenta se fracasó en el intento de lograr el campeonato al empatar en cuartos de final contra el Atlante. En la tercer torneo con Manuel Lapuente al mando este fue cesado el 21 de febrero del 2009 por los malos resultados ya que de 21 puntos posibles el director técnico Manuel Lapuente solo puedo cosechar 6 de ellos y en su sustitución llegó el estratega argentino José Néstor Pekerman, en la última jornada del Clausura 2009 el equipo de los Tigres se salvan del descenso gracias a que el Necaxa pierde su último encuentro contra el América en el Estadio Azteca y que Tigres empata ante el Morelia , esta combinación de resultados provocó una diferencia de 2 puntos entre un equipo y otro y por lo mismo el Necaxa desciende a la Primera División 'A'.

La Noche del 26 de mayo del 2009 se hace oficial, el cambio de Presidente del equipo nombrando a Santiago Martínez de la Torre como nuevo presidente, finalizando así con la gestión de Enrique Borja como presidente de Tigres, Santiago Martínez de la Torre, hizo su primer movimiento el cual fue nombrar a Daniel Guzmán Castañeda como nuevo Director Técnico del equipo, con esto José Néstor Pekerman dejó su cargo de Director Técnico de los Tigres. La tarde de 28 de marzo de 2010 Daniel Guzman fue cesado despues de volver a caer 1-0 ante el Toluca y se recibieron disturbios en las gradas del Estadio Universitario por los malos resultados obtenidos en el torneo. El 30 de marzo Santiago Martinez volvio a contratar a Daniel Guzmán Castañeda como tecnico de Tigres por la supuesta confianza que le tiene