Lo que pareció ser un cierre positivo en los ochentas, resultó en oscuros vaticinios para los torneos disputados en los noventas. Los felinos de San Nicolás apenas en un par de ocasiones llegaron a cuartos de final, cayendo frente a Esmeraldas de León en la temporada 1992-93 y por los Rayos del Necaxa en 1995-96. Precisamente en esa edición 95-96, los Tigres se adjudicaron el segundo Torneo de Copa de su historia, venciendo contra todos los pronósticos al Atlas de Guadalajara como visitante 1-0 luego de igualar a 1 en el partido de ida. Lamentablemente fue poco lo que duró la alegría en la escuadra de la UANL, ya que gracias a magros desempeños en las previas dos campañas, descendieron a la Primera División 'A' jornadas antes de finalizar la temporada 1995-1996. En un caso insólito en el fútbol mexicano, la U de nuevo León, a pesar de haber descendido, accedió a la liguilla; siendo eliminados por Rayos del Necaxa.

Su pasantía por Primera A, sin embargo, fue breve. En el mismo 1996 ganaron el Torneo de Invierno al derrotar en la final al Atlético Hidalgo con resultado global 3-1, ganándose la mitad de su boleto para jugar la final por el ascenso. El siguiente Campeonato de Verano, en 1997, también se coronaron, subiendo automáticamente al Máximo Circuito en tan sólo un año de ausencia, tras una derrota sorpresiva ante los Correcaminos de la UAT con marcador de 0-1 en el encuentro de ida en el mismo estadio Universitario dieron una contundente goliza 4-0 en el partido de vuelta de visitantes en el Estadio Marte R. Gómez de Cd. Victoria, Tamaulipas.

Aunque el regreso de los Tigres a Primera División fue de los más rotundo, ya en la estando allí las circunstancias variaron diametralmente. Con equipos de igual o superior nivel, los felinos batallaron para encontrar la victoria y por eso, apenas en la séptima fecha del Invierno 1997 fue cesado el técnico Alberto Guerra y su lugar lo ocupó el legendario Carlos Miloc. A pesar de ello, tampoco Miloc pudo levantar a los Tigres y lo único memorable fue que rompió el dominio de los Rayados, venciéndolos 3-2, y cortando una racha de 13 juegos sin ganarle al Monterrey en la historia de los clásicos regiomontanos. Esa resonante victoria renovó las esperanzas de los seguidores, soñando con un conjunto felino destinado a los primeros lugares del fútbol mexicano.

Las temporadas de Invierno 1998, Verano 1999, Invierno 1999 y Verano 2000 habían sido un completo fracaso para los Tigres ya que pese a contar un cuadro competitivo integrado por: Luis Hernández, Javier Saavedra, Claudio Núñez, José Luis Sierra, etc.; con técnicos de buena calidad como: Osvaldo Batocletti, Miguel Mejía Barón y Víctor Manuel Vucetich; no lograron llegar ni a una reclasificación.